Vid traditionell boskapsuppfödning får kreaturen ofta antibiotika och andra mediciner i förebyggande syfte, utan att de är sjuka. Tanken är att förhindra att epidemier bryter ut 
bland djuren, och även i vissa fall förhindra smittspridning mellan djur och människa. Problemet är att den utbredda användningen av antibiotika på sikt leder till flera fall av multiresistenta bakterier, vilka på kort tid kan göra många djur sjuka. Detta kan ha enorma konsekvenser för den enskilde djurägaren, eftersom tvångsavlivningen av en stor andel djur blir en rejäl ekonomisk förlust, som kan vara omöjlig att hämta sig från. Vid stora epidemier drabbas även konsumenterna, eftersom det blir brist på kött eller mjölk, och resultatet blir en ökning av matpriserna vilket kan komma att påverka stora delar av befolkningen.
Förutom att risken för epidemier bland djuren ökar, föreligger också en risk för att den medicin boskapen äter lagras i deras kroppar, och sedan hamnar i konsumentens kropp. Precis som för djuren är den största risken att antibiotikan som lagrats i konsumenternas kroppar, leder till en förhöjd risk för spridningen av multiresistenta bakterier och allt vad det innebär.
Vid ekologisk djurhållning används inte mediciner i onödan, utan ges bara till de djur som faktiskt är sjuka. Detta garanterar att risken för svåra epidemier eller motståndskraftiga bakterier minskar rejält, vilket både gagnar djuren, boskapsägaren och konsumenterna.
Tillgång till utevistelse och bra foder
Det finns flera bestämmelser om hur djuren ska behandlas vid KRAV-certifierad boskapshållning. De ska få tillgång till så mycket utevistelse som möjligt, speciellt under sommarhalvåret men om möjligt också under vintern. Utevistelsen ska bestå av omgivningar som är speciellt anpassade efter det djur det är tal om, som exempelvis tillgängliga gyttjepölar för svin och betesängar för får och kor.
Även djurfodret ska hålla hög klass, och gärna komma från samma gård som djuren själva. Det ska vara näringsriktigt och inte innehålla några onödiga eller skadliga tillsatser. Det finns också riktlinjer vad gäller slakten av köttkreatur. Till exempel ska ekologiska djur inte behöva bevittna slakten av andra djur, och de ska inte transporteras med främmande djur utan ska leva så stressfritt som möjligt under hela sitt liv fram till slakten.
